En el proceso de recaudación secundaria que durante el presente sexenio ha puesto en marcha el Servicio de Administración Tributaria, para recuperar con auditorías y procesos judiciales la mayor cantidad de recursos que se perdieron como resultado de la evasión, los donatarios autorizados se han convertido invariablemente en objeto de revisiones, pues se detecta que algunas de estas organizaciones se usan para incumplir con las obligaciones fiscales, además de que llegan a incurrir en casos de operaciones con recursos de procedencia ilícita. El caso más emblemático es el de la Fundación Comunitaria Malinalco AC, señalada por irregularidades en su contabilidad que apuntan a prácticas de lavado de dinero. La misma está vinculada a exfuncionarios del gobierno federal y del Estado de México, también a representantes de gobiernos extranjeros. Por supuesto, no podían faltar en el círculo de personajes ligados a esta donataria diversos empresarios que han aprovechado el organismo para desarrollar proyectos inmobiliarios, a pesar de que los fines de la organización debieran ser puramente altruistas.
De entrada, la Fundación que preside Alfredo Becker ha tenido problemas en los últimos meses para justificar ante el SAT, todavía de Antonio Martínez Dagnino, un gasto 11 millones de pesos superior a sus ingresos. Adicionalmente, se le señala de participar en un esquema de evasión de impuestos, por presuntamente triangular de manera constante recursos con otra asociación perteneciente a sus mismos accionistas. A ésta última se le conoce con el nombre de Alianza FC México.
En específico, los funcionarios involucrados con la Fundación Comunitaria Malinalco, y por lo tanto en los presuntos delitos de lavado de dinero, son Pedro Álvarez, exconsejero de la Comisión Nacional de Áreas Protegidas del gobierno federal; también está inmersa en la organización quien se desempeñara como directora de la Casa de la Cultura de Malinalco del Gobierno del Estado de México, Marta Alcocer. En cuanto a representantes de gobiernos extranjeros, el vínculo es con el cónsul honorario de Francia, Remi Henri Etienne Berthemelot.
Por otro lado, entre los empresarios que presuntamente se han beneficiado de la Fundación para hacer negocios, además del propio Becker del Río, se encuentran los arquitectos Jorge Luis Calvillo Unna, Alejandro Bravo Zamacona y Jorge Fernando Vigil Herrera. Todos ellos han adquirido tierras para llevar a cabo grandes proyectos en la zona mexiquense de Malinalco, los cuales, por cierto, no han tenido beneficio alguno para la comunidad. Las irregularidades fiscales se suman a una denuncia que en 2023 se realizó contra la Fundación Comunitaria Malinalco, exhibida ésta por una exdirectora general de la propia organización; en ella se acusa a los operadores de programas comunitarios de generar un entorno de violencia de género, además de fingir interés en la comunidad, pues únicamente les preocupa proteger sus activos financieros.
